Управление ГорСЮТур осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Единоличным исполнительным органом учреждения является директор, который осуществляет текущее руководство деятельностью учреждения в соответствии с действующим законодательством.
Структурных подразделений образовательной организации нет.
В ГорСЮТур созданы коллегиальные органы управления: Общее собрание работников, Совет учреждения и Педагогический совет.